正如其他的ORM工具,Hibernate同样需要元数据来控制在不同数据表达形式之间的转化. 在Hibernate 2.x里,多数情况下表示映射关系的元数据保存在XML文本文件中. 还有一种方式就是Xdoclet,它可以在编译时利用Javadoc中的源码注释信息来进行预处理. 现在新的JDK标准（JDK1.5以上）也支持类似的注解功能,但相比之下很多工具对此提供了更强大更好用的支持. 以IntelliJ IDEA和Eclipse为例,这些IDE工具为JDK 5.0注解功能提供了自动完成和语法高亮功能. 注解被直接编译到字节码里,并 在运行时（对于Hibernate来讲就是启动的时候）通过反射读取这些注解, 因此外部XML文件就不再需要了.

EJB3规范最终认可了透明化ORM的成功范例以及市场对于这种技术的兴趣. EJB3规范标准化了ORM的基础API而且在任何ORM持久化机制中使用元数据. Hibernate EntityManager实现了EJB3持久化规范中定义的编程接口和生命周期规则. 在Hibernate Core的基础上再结合 Hibernate Annotations就实现了一套完整(并且独立)的EJB3持久化解决方案. 你可以结合三者来使用,也可以抛开EJB3编程接口和生命周期规则而独立使用注解, 甚至只单独使用Hibernate Core. 这些都取决于项目的商业和技术上的实际需求. Hibernate允许你直接使用native APIs,如果有需要, 甚至可以直接操作JDBC和SQL.

注意本文档基于Hibernate Annotations的预览版(遵从EJB 3.0/JSR-220最终草案). 这个版本和新规范中定义的最终概念已经非常接近了.我们的目标是提供一套完整的ORM注解, 包括EJB3的标准注解以及Hibernate3的扩展（后者是EJB3规范中没有涉及到的）. 最终通过注解你可以完成任何可能的映射.详情参考???.

EJB3最终草案修改了部分注解, http://www.hibernate.org/371.html提供了从上一个版本到最新版本的迁移指南.